Дубликаты при добавлении в базу

Всем привет.
Делаю импорт в 1c Bitrix большого кол-ва объектов их xml файла.
На тестовом сайте скрипт отрабатывает нормально, а вот при переносе на прод начали идти дубликаты.
Вопрос. Из-за чего такое возможно?

Конфигурация тестового:
Debian, Apache, PHP 5.6, MySQL 5.6

Конфигурация прода:
BitrixVM6 (Centos, Apache, PHP 5.4, MySQL(тоже какая-то старая), NGinx)

Конфигурация прода после обновления
BitrixVM7(Centos, Apache, PHP7, MySQL 5.6, NGinx)

P.S.
Сначала грешил на версию PHP т.к. скрипт работает через simpleXML, но после обновления софта проблема осталась.
После начал получать сообщение "504 gateway timeout bitrix environment" (Ошибка фиксится настройками NGinx либо запуском скрипта не из браузера)
На данный момент было выяснено, что скрипт продолжает выполнение даже после "504 gateway timeout bitrix environment" и дубликаты не появляются если не запустить еще 1 процесс.

Есть идеи как это работает?